基因芯片原理和優勢：

Affymetrix公司開發的寡聚核苷酸原位光刻專利技術，利用此技術用很少的步驟可合成大量的DNA陣列。 Affymetrix的原位合成技術可制作的點陣密度高達106~1010/cm2。

首先使固相片基羥基化，并用光敏保護基團將其保護起來，然后選取適當的避光膜（mask）使需要聚合的部位透光，其他部位不透光。這樣，當光通過避光膜照射到支持物上時，受光部位的羥基就會發生脫保護而活化，從而可以反應結合堿基。由于參與合成的堿基單體一端可以進行固相合成，另一端受光敏基團的保護，所以原位合成后，可進行下一輪的光照、脫保護和固相合成。循環下去，不斷改變避光膜的透光位點，就可以實現在同一玻片上合成成千上萬種預定序列的寡核苷酸探針。
GeneChip獨特的PM-MM探針設計
基因芯片雜交的靈敏度和特異性是芯片技術的核心，Affymetrix在探討了各種各樣的影響因素后，設計出了一種獨特的PM-MM探針方案（見下圖）。芯片上的每一個基因或EST都是由一個或幾個探針組(probe set)組成，每組探針組又由11-20對25mer的探針對(probe pair)組成，每探針對包括兩個探針池(probe cell)，其中一個是完全匹配（Perfect-Match，PM）的，另外一個是序列中間有一個堿基錯配的(Mis-match, MM)。

獨特的PM-MM探針設計的優勢
特異性好
靈敏度高
定量精確、重復性好
提供樣品質控
特異性的提高
相比cDNA芯片和單一序列的寡核苷酸芯片，Affymetrix設計多個短的探針片段，可以有效的區分有同源性的基因序列，克服了背景噪聲、錯誤和偏差，避免了同源性靶序列與探針交叉雜交，而引起的假陽性和判斷錯誤。25mer長度的寡核苷酸的信號強度和分辨率達到了一個平衡，在這個長度下，有一個堿基發生錯配，雜交復合物就會變得很不穩定。如果長度達到60mer，就無法區分序列上十分接近的序列了。此外, 從多個探針位點檢測的熒光信號，經過綜合評估、統計計算和分析，獲得的數據比單個探針判斷樣品是否存在某一靶序列的數據更為可靠。

靈敏度的提高
在PM-MM探針設計中，MM探針是有效的內參照，它們與PM探針一樣可以和非特異性序列結合，這樣，就可以將不同來源的樣品中的背景信號有效的定量扣除。這種獨特的設計對于區分特異性和非特異性雜交是相當靈敏的。比較那些單一的基因探針來說，PM-MM探針的高特異性和靈敏度更適合檢測低豐度表達的基因。如下圖，僅用PM探針與聯合應用PM-MM探針檢測靶序列的靈敏度比較

如上圖所示，將已克隆的轉錄產物以不同的濃度摻入到組織樣品中，在組織樣品中是不含有原始的克隆轉錄產物的。經過標記的樣品與Affymetrix Genechip人類基因組芯片雜交，在克隆轉錄產物濃度低于8pM時，PM單獨探針無法探測出相應的濃度變化，而與MM探針聯合使用則可以探測出。PM-MM探針對的使用可以探測出的樣品中轉錄物的范圍為1:100,000-1:300,000。PM-MM探針對照設計可提高對復雜背景特異性檢測，使得靈敏度與特異性之間達到一個優化的平衡。
定量精確、重復性好
?Affymetrix的基因芯片好的重復性使得某一樣品中基因表達的絕對水平是可靠的，還使得比較不同樣品之間各種基因表達的相對比例是可靠的，而雙色法需在每次雜交檢測中設置對照，只能進行兩個樣品之間的比較，芯片之間的比較并不可靠。Affymetrix進行多個樣品之間的比較時，只需在多個樣本中設置對照即可。
兩次制備的同一樣本，不同批次的芯片

不同芯片間、不同批次樣品間實驗結果吻合極好，保證了多張芯片間的比較的有效、可靠性。 Ishii等比較了GeneChip?技術和SAGE之后得出結論認為：用這兩種方法檢測獲得的結果符合得很好，無論是用來進行絕對表達水平的檢測還是比較樣品之間的基因表達水平的檢測。
??? Aach 等報告了他們試圖努力將不同分析方法獲得的數據進行整合和系統分析的工作，他們發現：Affymetrix 和SAGE檢測獲得的數據可直接用于mRNA相對表達水平的估計，而雙色法得到的數據尚需進一步的討論。
GeneChip? 嚴密的質控步驟
樣品制備
芯片狀況
系統運轉
樣品制備
在總RNA提取及cRNA制備好后，分別進行分光光度計的量檢、變性膠電泳的質檢探針組設計可以了解到基因各個部位的信號值情況，其中3’,5’信號值比值作為判斷樣品RNA的完整性的指標在芯片結果報告中將給出相關數據。
芯片狀況
在雜交混合液中加入oligo B2 ，在芯片的掃描結果上如果可以清晰的看到四周、中心以及芯片名稱的圖樣，證明芯片的各項常規參數正常。
通過芯片上的看家基因對芯片質量進行評定通過參入對照基因bioB，bioc，bioD and cre對芯片的靈敏度進行評定
系統運轉
加入對照基因bioB，bioc，bioD and cre除了可以質控芯片的靈敏度外他們還是雜交、洗滌、掃描過程的質檢標準。
另外儀器本身還規定有一定的噪音值背景值質控儀器的運轉。
GeneChip種類齊全，應用廣泛
Affymetrix公司具有強大的研發力量，目前提供世界上種類最多、基因數目最全的各類基因芯片，有人、大鼠、小鼠、果蠅和擬南芥等多種模式生物的基因表達譜芯片，用于SNP研究的DNA 分析芯片及研究癌癥和藥物代謝的健康檢測芯片等。
Affymetrix公司的基因芯片產品在世界范圍內已廣泛應用于人類疾病的分子機理、 腫瘤分型、藥物篩選、免疫學、信號轉導、基因調控、細胞周期與凋亡、藥物代謝與毒理、神經發育與分化、SNP分析、細菌基因組研究以及植物基因調控等各個方向，并取得了巨大的成功。
（產品詳情請參考公司服務項目目錄或電話400-885-1861咨詢）

基因芯片服務項目和產品介紹：
上海邃志生物科技有限公司擁有Affymetrix公司4套最新一代的芯片分析平臺：GeneChip 3000 Target Genotyping System,配備有4通道掃描的Scanner 30007Gplus和可滿足大規?；蚪M篩查的自動裝片機，適合Affymetrix所推出的任何種類的芯片，可為您提供Affymetrix公司的 GeneChip系列產品包括：
⑴ 人全基因組表達譜芯片
⑵ 小鼠、大鼠等動物全基因組表達譜芯片
⑶ 水稻、擬南芥等植物表達譜芯片
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